qsub脚本中Python虚拟环境venv1无法调用问题排查与解决

核心可能原因 #

• 虚拟环境bin目录缺少python软链接：用/usr/local/bin/python3创建venv1时，其venv1/bin目录下可能仅存在python3可执行文件，未自动生成python到python3的软链接。而你的test.sh脚本中调用的是python a.py，激活venv1后PATH优先指向venv1/bin，因找不到python命令触发报错。
  对比venv2：系统自带的/usr/bin/python3创建虚拟环境时，多数发行版会默认在venv的bin目录生成python软链接（系统本身通常存在python指向python3的全局设置），因此调用python可正常匹配。
• 作业环境PATH未包含/usr/local/bin：qsub提交的作业可能运行在干净的隔离环境中，默认PATH未包含/usr/local/bin。若venv1的python软链接指向/usr/local/bin/python3，作业环境无法访问该路径时会导致命令找不到。不过该情况概率较低，毕竟同路径下的venv3（源码编译）可正常使用。

方法1：修改脚本调用命令 #

直接将test.sh中的python a.py改为python3 a.py，激活venv1后，venv1/bin下的python3可被正常识别。

方法2：手动添加python软链接 #

在本地执行以下命令（无需通过qsub）：

ln -s venv1/bin/python3 venv1/bin/python

完成后再用qsub提交脚本，调用python a.py即可正常运行。

方法3：创建venv时指定生成python链接 #

后续使用/usr/local/bin/python3创建虚拟环境时，可添加--symlinks参数确保软链接生成，并手动创建python链接：

/usr/local/bin/python3 -m venv --symlinks venv_new
ln -s venv_new/bin/python3 venv_new/bin/python

方法4：手动补全PATH（兜底方案） #

若以上方法无效，可在test.sh中激活venv1后，手动将/usr/local/bin添加到PATH最前端：

source venv1/bin/activate
export PATH=/usr/local/bin:$PATH
python a.py

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user250756