使用ggplot2绘制Alluvial图：高亮指定配对的实现方案

核心方案 #

给数据集新增一个标记列，区分「需要高亮的配对」和「其余配对」，再通过颜色映射实现高亮效果，支持任意指定配对（具体值或行号）。

步骤1：给数据添加高亮标记 #

假设你的数据集名为df，包含CTaa_alpha、CTaa_beta以及表示频数的列（比如count）：

方式1：指定具体配对值高亮

直接匹配你需要的alpha和beta组合：

library(dplyr)

df <- df %>%
  mutate(
    highlight_group = ifelse(
      CTaa_alpha == "CAGGFNYQLIW" & CTaa_beta == "CASSVAGPNTEAFF",
      "target_pair",
      "other_pairs"
    )
  )

方式2：按行号指定配对高亮

比如要高亮第10行的配对，先提取对应行的alpha和beta值，再标记：

target_alpha <- df$CTaa_alpha[10]
target_beta <- df$CTaa_beta[10]

df <- df %>%
  mutate(
    highlight_group = ifelse(
      CTaa_alpha == target_alpha & CTaa_beta == target_beta,
      "target_pair",
      "other_pairs"
    )
  )

扩展：高亮多个配对

用case_when可以同时标记多组目标配对：

df <- df %>%
  mutate(
    highlight_group = case_when(
      CTaa_alpha == "CAGGFNYQLIW" & CTaa_beta == "CASSVAGPNTEAFF" ~ "target1",
      CTaa_alpha == "XXXXXX" & CTaa_beta == "YYYYYY" ~ "target2",
      TRUE ~ "other_pairs"
    )
  )

步骤2：修改绘图代码实现高亮 #

在geom_alluvium和geom_stratum中，用新增的highlight_group映射填充色，再手动设置颜色：

library(ggplot2)
library(ggalluvial)

ggplot(df,
       aes(y = count, axis1 = CTaa_alpha, axis2 = CTaa_beta)) +
  # 冲积层颜色映射
  geom_alluvium(aes(fill = highlight_group), width = 1/12) +
  # 节点层颜色映射
  geom_stratum(aes(fill = highlight_group), width = 1/12) +
  # 节点标签
  geom_text(stat = "stratum", aes(label = after_stat(stratum))) +
  # 手动设置颜色：高亮用鲜艳色，其余用灰色
  scale_fill_manual(
    values = c(
      "target_pair" = "#ff6347", # 可替换成你喜欢的颜色
      "other_pairs" = "#cccccc"
    )
  ) +
  theme_minimal() +
  guides(fill = "none") # 不需要图例就加上这行

注意事项 #

• 替换代码中的count为你实际用来表示频数的列名
• 高亮颜色可自行调整，比如#1e90ff（蓝色）、#ffd700（金色）等
• 如果用多组高亮，在scale_fill_manual中对应添加每组的颜色即可

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Zoya Qaiyum