Snakemake中如何结合通配符实现自定义函数？

场景说明 #

需要生成不同channel、mass、norm组合的输出文件，其中每个{channel, mass}对应一组特定的norm值。通过expand结合lambda调用get_norms函数获取norm列表时，触发如下错误：

InputFunctionException in rule all in file /home/egenton/upgrade_solar_WIMP/scripts/Snakefile, line 45:
Error:
  AttributeError: 'Wildcards' object has no attribute 'channel'
Wildcards:

错误原因 #

Snakemake的expand函数处理通配符是逐步填充的：先遍历channel，再针对每个channel遍历mass，最后处理norm。但嵌套的lambda函数在执行时，wildcards对象尚未完成channel和mass的绑定，导致无法访问wildcards.channel属性。

解决方案 #

方案一：嵌套expand，直接传递具体参数给get_norms #

将expand拆分为两层，先遍历channel和mass，再针对每个具体的(channel, mass)组合调用get_norms，避免依赖未完全初始化的wildcards：

rule all: 
    input: 
        expand(
            expand(
                f"{DATA_LOC}/signal/channel_{channel}/trial_distributions/{mass}_trial_distrib_{{norm}}.h5",
                norm=get_norms({"mass": mass, "channel": channel})
            ),
            channel=channels,
            mass=lambda wildcards: masked_mass_dict[wildcards.channel]
        )

方案二：手动生成所有输出路径（更直观） #

编写函数遍历所有channel、mass、norm组合，直接生成完整的输出路径列表，完全绕过expand的lambda限制：

def generate_all_outputs():
    outputs = []
    # 遍历所有channel
    for channel in channels:
        # 遍历当前channel对应的mass值
        for mass in masked_mass_dict[channel]:
            # 获取当前(channel, mass)对应的norm列表
            norms = get_norms({"channel": channel, "mass": mass})
            # 生成每个norm对应的输出路径
            for norm in norms:
                outputs.append(
                    f"{DATA_LOC}/signal/channel_{channel}/trial_distributions/{mass}_trial_distrib_{norm}.h5"
                )
    return outputs

rule all: 
    input: 
        generate_all_outputs()

额外注意事项 #

1. get_norms函数中dictionary_file = "path/"应为具体文件路径（如"path/sensitivities.pkl"），否则open会尝试打开目录而非文件，触发错误。
2. 函数中norms = np.array([0])会覆盖之前生成的linspace和insert结果，若需保留多组norm值，需删除该行。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ma_boi