能否将指定Git子目录当作根目录添加至替代索引文件？

我希望使用替代索引文件，在同一Git仓库中创建类似git notes风格的、拥有独立历史的完全独立文件系统结构。为简化操作，我希望能将任意目录通过git add添加至（替代）索引文件，并将其当作工作树的根进行提交。

例如，假设目录结构如下：

.
└── subdir
    └── hello.txt

1 directory, 1 file

正常执行git add subdir后，索引内容为：

git ls-files -s
100644 3b18e512dba79e4c8300dd08aeb37f8e728b8dad 0   subdir/hello.txt

而我希望索引内容变为：

git ls-files -s
100644 3b18e512dba79e4c8300dd08aeb37f8e728b8dad 0   hello.txt

请问Git中是否存在现成机制，可将用户指定目录当作根目录添加至索引文件，还是只能使用update-index这类底层命令手动添加每个文件至对应相对路径？

Git有现成的机制可以实现这个需求，无需手动逐个文件处理，以下是两种常用方法：

方法一：使用git add的--work-tree选项 #

在仓库根目录下执行命令，指定目标目录作为临时工作树，直接将该目录下的文件以根路径形式添加到索引：

# 添加subdir目录下的所有文件到当前索引（路径不带subdir前缀）
git add . --work-tree=./subdir

如果要使用自定义替代索引文件（实现独立历史），可以通过GIT_INDEX_FILE环境变量指定索引文件路径：

# 指定自定义索引文件，将subdir内容添加进去
GIT_INDEX_FILE=./.git/alt_index git add . --work-tree=./subdir

# 使用该索引文件提交，生成独立的提交记录
GIT_INDEX_FILE=./.git/alt_index git commit -m "Import subdir files as root"

方法二：切换到目标目录并指定仓库路径 #

进入目标目录后，通过--git-dir参数指定仓库的.git目录，直接执行git add .即可：

cd subdir
# 将当前目录下的文件添加到仓库的索引（路径不带subdir前缀）
git add . --git-dir=../.git
cd ..

同样结合GIT_INDEX_FILE可以实现自定义索引的独立提交：

cd subdir
GIT_INDEX_FILE=../.git/alt_index git add . --git-dir=../.git
cd ..
GIT_INDEX_FILE=./.git/alt_index git commit -m "Add files from subdir as root"

这两种方法都能直接将指定目录当作根目录添加到索引，无需使用git update-index手动逐个处理文件。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者merlin2011