如何用R基础绘图为mstate::Cuminc()结果添加真实风险人数表？

核心思路 #

mstate::Cuminc()返回的结果对象中已经包含了各时间点的真实风险人数（n.risk字段），无需手动统计。只需提取这些数据，再用R基础绘图函数（text()、par()等）将其添加到累积发病率曲线下方即可。

步骤实现 #

1. 提取风险人数数据 #

先运行Cuminc()得到累积发病率结果，再直接从结果对象中提取各组的时间点和对应风险人数：

library(mstate)
# 替换为你的真实数据和参数
cuminc_result <- Cuminc(time = your_data$time, status = your_data$status, group = your_data$group)
# 提取WW、WM组的风险人数（组名需匹配你的实际分组）
ww_risk <- data.frame(time = cuminc_result$WW$time, n_risk = cuminc_result$WW$n.risk)
wm_risk <- data.frame(time = cuminc_result$WM$time, n_risk = cuminc_result$WM$n.risk)

2. 绘制累积发病率曲线 #

用基础plot()函数生成核心曲线：

# 绘制曲线，自定义样式
plot(cuminc_result, col = c("darkred", "steelblue"), lwd = 2, 
     main = "WW vs WM 竞争风险累积发病率", 
     xlab = "随访时间", ylab = "累积发病率")
# 添加图例
legend("bottomright", legend = c("WW组", "WM组"), col = c("darkred", "steelblue"), lwd = 2)

3. 添加真实风险表 #

调整绘图区域范围，用text()标注风险人数，配合rect()优化表格样式：

# 调整y轴范围，预留风险表空间
par(usr = c(par("usr")[1:2], -0.18, par("usr")[4]))

# 筛选关键时间点（避免标注过密）
common_times <- sort(unique(c(ww_risk$time, wm_risk$time)))
selected_times <- seq(0, max(common_times), by = 10) # 可自定义时间间隔
x_coords <- axTicks(1)[axTicks(1) %in% selected_times]

# 绘制风险表边框
rect(par("usr")[1], -0.18, par("usr")[2], 0, border = "gray80")

# 标注组名
text(x = par("usr")[1], y = -0.06, labels = "WW组风险人数", col = "darkred", adj = 0, cex = 0.8)
text(x = par("usr")[1], y = -0.12, labels = "WM组风险人数", col = "steelblue", adj = 0, cex = 0.8)

# 标注对应时间点的风险人数
text(x = x_coords, y = rep(-0.06, length(x_coords)), 
     labels = ww_risk$n.risk[match(x_coords, ww_risk$time)], 
     col = "darkred", cex = 0.8)
text(x = x_coords, y = rep(-0.12, length(x_coords)), 
     labels = wm_risk$n.risk[match(x_coords, wm_risk$time)], 
     col = "steelblue", cex = 0.8)

关键说明 #

• 若你的Cuminc()结果中组名不是WW/WM，需替换为实际分组名称（可通过names(cuminc_result)查看）。
• 可根据需求调整selected_times的间隔、风险表的位置（y参数）和字体大小（cex）。
• match()函数用于确保时间点与风险人数一一对应，避免错位。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者geek45