使用R下载NCBI数据库时遇连接超时问题求助

针对你遇到的连接超时问题，试试下面几个方案：

• 先排查服务器网络连通性
  登录服务器终端，先测试能不能访问NCBI的服务器：

  ping ftp.ncbi.nih.gov
  curl -v ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/
  

  如果ping不通或者curl返回连接失败，大概率是服务器的防火墙、安全组策略限制了对外访问，需要联系管理员开放对应权限。

• 改用HTTPS地址并调整超时
  NCBI支持HTTPS访问，比FTP更稳定，手动指定HTTPS地址并设置更长超时：

  library("taxizedb")
  db_download_ncbi(url = "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/", 
                   curl_opts = list(timeout = 600)) # 设置10分钟超时
  

• 手动下载后导入
  如果服务器始终无法直接连接NCBI，先在本地下载NCBI分类数据库压缩包taxdump.tar.gz（包含核心的names.dmp、nodes.dmp等文件），上传到服务器后用以下命令导入：

  library("taxizedb")
  # 替换成你上传到服务器的文件路径
  db_load_ncbi(file = "/your/server/path/taxdump.tar.gz")
  

• 配置服务器代理（如果需要）
  如果服务器需要通过代理访问外网，先在R中设置代理环境变量：

  # 替换成你的代理地址和端口
  Sys.setenv(http_proxy = "http://proxy-ip:port",
             https_proxy = "http://proxy-ip:port")
  db_download_ncbi()
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Yohan