Debian12下运行genomepy安装基因组数据遇MySQL认证插件加载错误

问题根源 #

Debian 12的default-mysql-client实际是MariaDB客户端，mysql_native_password插件的默认路径与Python mysql-connector预期的MySQL路径不匹配，且默认未安装对应插件包，导致无法加载该认证插件。

修复步骤 #

1. 安装MariaDB原生密码认证插件包 #

执行以下命令安装包含所需插件的包：

apt-get update && apt-get install -y mariadb-plugin-mysql-native-password

2. 适配插件路径 #

安装完成后，检查插件位置：

ls /usr/lib/mariadb/plugin/mysql_native_password.so

若插件存在但系统仍报错，创建软链接到mysql-connector预期的路径：

mkdir -p /usr/lib/mysql/plugin/
ln -s /usr/lib/mariadb/plugin/mysql_native_password.so /usr/lib/mysql/plugin/mysql_native_password.so

3. 重新执行genomepy命令 #

genomepy install xenTro9 --UCSC-annotation refGene

备选方案：更换Python MySQL连接库 #

如果上述方法无效，替换mysql-connector为pymysql（genomepy兼容该库）：

pip uninstall mysql-connector-python
pip install pymysql

pymysql无需依赖系统级插件，可直接处理mysql_native_password认证。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Allan K