如何让fviz_pca_biplot绘制的PCA图中所有点尺寸一致？

你遇到的点大小不一问题，是因为fviz_pca_biplot默认会根据个体对主成分的贡献度自动调整点的尺寸。要强制统一所有点的大小，按以下步骤修改代码即可：

关键修改点 #

• 替换错误参数：原代码里的pointsize和point不是该函数的有效参数，改用size.ind来指定点的统一大小。
• 关闭贡献度缩放：添加ind.sizetype="fixed"参数，强制所有点尺寸固定，不随贡献度变化。

修改后的代码 #

fviz_pca_biplot(pca_var, col.ind= cafe$Genótipo, 
            label= "var", col.var = "black", legend.title= "Genótipo",
            palette = c("black", "darkgreen", "yellow", "tomato4", 
                        "grey19", "darkviolet", "green3", "lemonchiffon4",
                        "navajowhite", "mediumblue"), 
            size.ind=3,  # 统一设置所有个体点的大小
            ind.sizetype="fixed",  # 固定尺寸，不随贡献度调整
            labelsize=4)

补充说明 #

如果只设置size.ind仍有个别点大小异常，加上ind.sizetype="fixed"就能彻底解决问题，确保所有点的尺寸完全一致。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Moisés Feitosa