Rcpp中同时使用mlpack与SuperLU时spsolve报错的解决求助

问题背景 #

编写Rcpp代码时，引入mlpack库后调用spsolve()函数出现错误：spsolve(): use of SuperLU must be enabled。但代码中已定义ARMA_USE_SUPERLU 1，且eigs_sym()函数可正常运行；移除mlpack相关引用后问题消失。需要在保留mlpack及boost库的前提下解决该问题。

原代码片段 #

#include <RcppArmadillo.h>
#define _USE_MATH_DEFINES
#include<cmath>
#include <boost/math/special_functions/bessel.hpp> 

#include <mlpack.h>
#include <mlpack/methods/kmeans.hpp>
// [[Rcpp::depends(RcppEnsmallen)]]
// [[Rcpp::depends(mlpack)]]

// [[Rcpp::plugins(cpp17)]]
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
// [[Rcpp::plugins(openmp)]]
// [[Rcpp::depends(BH)]]

using namespace arma;
using namespace Rcpp;

#define ARMA_USE_ARPACK 1
#define ARMA_USE_SUPERLU 1
// ... 其余代码

错误输出 #

flag eig
Error: spsolve(): use of SuperLU must be enabled

解决方案 #

1. 调整宏定义顺序 #

Armadillo的功能宏定义必须在任何Armadillo头文件（包括被mlpack间接引入的）之前声明。原代码中宏定义放在#include <RcppArmadillo.h>和mlpack头文件之后，mlpack内部会先引入Armadillo，导致宏定义未生效。

修改方法：把ARMA_USE_SUPERLU和ARMA_USE_ARPACK移到所有#include之前：

#define ARMA_USE_ARPACK 1
#define ARMA_USE_SUPERLU 1
#define _USE_MATH_DEFINES

#include <RcppArmadillo.h>
#include<cmath>
#include <boost/math/special_functions/bessel.hpp> 

#include <mlpack.h>
#include <mlpack/methods/kmeans.hpp>
// ... 其余depends和plugins声明

2. 确认编译时链接SuperLU #

确保编译环境正确链接SuperLU库。可在代码中添加显式链接声明：

// [[Rcpp::linkingTo(RcppArmadillo, SuperLU)]]

或在项目的Makevars文件中补充链接参数：

PKG_LIBS += $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS) -lsuperlu

3. 替换求解器参数为枚举值（可选） #

原代码中用字符串"superlu"指定求解器，可替换为Armadillo内置的枚举值superlu，避免字符串解析冲突：

bool status = spsolve(mu_f, B, y, superlu, opts);

修改后的完整代码 #

#define ARMA_USE_ARPACK 1
#define ARMA_USE_SUPERLU 1
#define _USE_MATH_DEFINES

#include <RcppArmadillo.h>
#include<cmath>
#include <boost/math/special_functions/bessel.hpp> 

#include <mlpack.h>
#include <mlpack/methods/kmeans.hpp>
// [[Rcpp::depends(RcppEnsmallen)]]
// [[Rcpp::depends(mlpack)]]

// [[Rcpp::plugins(cpp17)]]
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
// [[Rcpp::plugins(openmp)]]
// [[Rcpp::depends(BH)]]

using namespace arma;
using namespace Rcpp;

#define tolr 1e-5
#define crossprod(x) symmatu((x).t() * (x))
#define tcrossprod(x) symmatu((x) * (x).t())
#define pi_sq 9.869604401089358


// [[Rcpp::export]]
Rcpp::List NNGP_fit(const int n){
  sp_mat A = sprandu<sp_mat>(n, n, 0.1);
  sp_mat B = A.t()*A;
  
  vec eigval;
  mat eigvec;
  
  eigs_sym(eigval, eigvec, B, n-1);  // find n-1 eigenvalues/eigenvectors
  Rcpp::Rcout<<"flag eig"<<endl;
  
  superlu_opts opts;
  opts.symmetric  = true;
  opts.equilibrate =true;
  vec mu_f,
   y(n, fill::randn);
  
  bool status = spsolve(mu_f,B, y, superlu,opts);
  Rcpp::Rcout<<"status= "<<status<<endl;
  
  return Rcpp::List::create(Rcpp::Named("covmat") =wrap(B),
                            Rcpp::Named("eigval") =wrap(eigval),
                            Rcpp::Named("eigvec") =wrap(eigvec),
                            Rcpp::Named("y") =wrap(y),
                            Rcpp::Named("mu_f") =wrap(mu_f)
  );
}

内容的提问来源于stack exchange，提问作者noirritchandra