使用mpicc编译HDF5-1.14.5时出现command not found错误求助

核心原因 #

sudo执行命令时，默认不会继承普通用户的PATH环境变量。你普通用户的PATH里包含/usr/local/SOFT/mpich-4.2.3/bin，所以能找到mpicc；但sudo的PATH中没有这个路径，导致configure找不到mpicc命令。

解决方法 #

方法1：使用编译器绝对路径 #

直接在configure命令中指定mpicc和mpif90的绝对路径，避免依赖PATH：

sudo ./configure CC=/usr/local/SOFT/mpich-4.2.3/bin/mpicc FC=/usr/local/SOFT/mpich-4.2.3/bin/mpif90 --enable-parallel --enable-fortran --with-zlib=/usr/local/SOFT/grib2 --prefix=/usr/local/SOFT/hdf5-1.14.5

方法2：让sudo继承用户环境变量 #

使用sudo -E参数运行configure，保留当前用户的PATH等环境变量：

sudo -E ./configure CC=mpicc FC=mpif90 --enable-parallel --enable-fortran --with-zlib=/usr/local/SOFT/grib2 --prefix=/usr/local/SOFT/hdf5-1.14.5

验证思路 #

可以先执行sudo which mpicc，你会发现返回找不到命令；而普通用户执行which mpicc能得到路径，这就确认了是PATH环境变量的差异导致的问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者stormy789