如何调整ggplot2的Y轴刻度：显示离群点且避免箱线图被压缩

当数据存在少量大幅离群点时，默认均匀刻度的Y轴会把集中在小范围的主数据压缩到图底部，难以观察细节。你可以通过自定义坐标轴变换函数实现分段等距的视觉效果，既保留所有离群点，又能清晰展示主数据区域。

具体实现步骤 #

1. 定义自定义变换函数
   我们需要创建正向（数据转视觉坐标）和逆向（视觉坐标转数据）的变换规则，让0-1区间保持原比例，1以上的区间按比例压缩，从而让0-1和1-3的视觉间距近似相等：

library(ggplot2)

# 自定义坐标轴变换
custom_trans <- function() {
  trans_new(
    name = "custom_segment",
    # 正向变换：1以内数值不变，1以上数值压缩为原区间的1/2
    transform = function(x) {
      ifelse(x <= 1, x, 1 + (x - 1)/2)
    },
    # 逆变换：将视觉坐标还原为原始数据值，用于生成轴标签
    inverse = function(y) {
      ifelse(y <= 1, y, 1 + 2*(y - 1))
    }
  )
}

2. 应用变换到绘图中
   把自定义变换应用到scale_y_continuous中，同时手动指定刻度位置，让关键数值清晰显示：

# 生成示例数据
dat <- data.frame (cat = "A", result = rnorm (87, 0.26, 0.19))
new_values <- data.frame(cat = "A", result = c(3.4 ,3.2))
dat <- rbind(dat, new_values)

# 绘制图形
ggplot(dat, aes(x = cat, y = result)) +
  geom_boxplot() +
  geom_jitter(size = 1.2) +
  scale_y_continuous(
    trans = custom_trans(),
    breaks = c(0, 0.5, 1, 2, 3),
    labels = as.character(c(0, 0.5, 1, 2, 3))
  ) +
  labs(y = "Result")

原理说明 #

• 正向变换将1-3的数值区间压缩为视觉上的1-2区间，使得0-1和1-3的视觉长度近似相等，主数据区域不再被压缩
• 逆变换保证Y轴上的标签显示的是原始数据的真实数值，不会造成误解
• 你可以根据实际需求调整压缩比例：比如要让0-1和1-4的视觉间距相等，只需把正向变换里的(x-1)/2改成(x-1)/3，逆变换里的2*(y-1)改成3*(y-1)即可

内容的提问来源于stack exchange，提问作者A.Benson