运行zipoisson模型报错“$运算符不适用于该S4类”的解决咨询

在使用glmmTMB拟合零膨胀泊松（zipoisson）模型时触发错误Error in family$family : $ operator not defined for this S4 class，数据因大量零值存在偏态，已尝试普通泊松和拟泊松模型，现需修正代码解决该错误，原始代码如下：

# Fit the GLMM model for zero-inflated Poisson with mean duration
GLMM_freq_dur <- glmmTMB(N.x ~ duration * Sex + (1 | focalID) + (1 | videoID), 
                     data = GLMM_data, 
                     family = poisson (link='log'),zi=~1|focalID,
                     control = glmmTMBControl(optimizer = "bobyqa", optCtrl = 
list(maxfun = 1e6)))  # Increase max iterations

# Fit the GLMM model for zero-inflated Poisson with number of action units
GLMM_freq_au <- glmmTMB(N ~ Total_AU * Sex + (1 | focalID) + (1 | videoID), 
                    data = GLMM_data, 
                    family = zipoisson, 
                    control = glmmTMBControl(optimizer = "bobyqa", optCtrl = 
list(maxfun = 1e6)))  # Increase max iterations

错误原因与修正方案 #

• 第一个模型的问题：指定了family = poisson(link='log')（普通泊松族），同时添加了zi=~1|focalID参数。glmmTMB中只有零膨胀族（如zipoisson）才能搭配zi参数，普通poisson族不支持该参数，导致族对象类型不匹配。
• 第二个模型的问题：family = zipoisson直接引用族类名，而glmmTMB需要调用族函数生成族对象（必须带括号），正确写法为zipoisson(link="log")（log链接为默认值，可省略，但显式写出更清晰）。

修正后的代码 #

# 修正后的零膨胀泊松模型（基于时长）
GLMM_freq_dur <- glmmTMB(N.x ~ duration * Sex + (1 | focalID) + (1 | videoID), 
                     data = GLMM_data, 
                     family = zipoisson(link='log'),  # 替换为零膨胀泊松族函数
                     zi=~1|focalID,  # 保留零膨胀部分的随机效应
                     control = glmmTMBControl(optimizer = "bobyqa", optCtrl = list(maxfun = 1e6)))

# 修正后的零膨胀泊松模型（基于动作单元数量）
GLMM_freq_au <- glmmTMB(N ~ Total_AU * Sex + (1 | focalID) + (1 | videoID), 
                    data = GLMM_data, 
                    family = zipoisson(link='log'),  # 调用族函数生成对象
                    control = glmmTMBControl(optimizer = "bobyqa", optCtrl = list(maxfun = 1e6)))

额外检查 #

若修正后仍报错，建议更新glmmTMB包到最新版本：

update.packages("glmmTMB")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Siddharth Satishchandran