如何在vcd::mosaic图图例中显示Fisher精确检验p值而非卡方检验p值

vcd包的mosaic()函数默认用卡方检验的p值生成图例，没有直接参数支持替换为Fisher精确检验，但可以通过两种简便方法实现：

方法1：手动添加自定义图例 #

先绘制不带默认图例的马赛克图，再手动插入包含Fisher检验p值的图例：

library(vcd)

# 构造数据表格
tbl <- cbind(c(15,10), c(1,10))
dimnames(tbl) <- list(outcome = c("So fun!","Meh!"), adjustment = c("A","B"))

# 计算Fisher精确检验的p值
fisher_p_val <- stats::fisher.test(tbl)$p.value

# 绘制马赛克图，关闭默认图例
mosaic(tbl, 
       gp = shading_hcl, 
       split_vertical = TRUE,
       main = "Toy Example",
       legend = FALSE)

# 手动添加自定义图例，替换p值内容
legend("bottomright", 
       legend = c("残差着色", paste("Fisher精确检验, p =", round(fisher_p_val, 5))),
       fill = hcl(c(0, 120)),
       border = "white")

方法2：自定义shading函数 #

如果需要重复使用，可以基于shading_hcl自定义一个shading函数，替换其中的检验逻辑和图例文本：

library(vcd)

# 自定义支持Fisher检验的shading函数
shading_fisher <- function(x, ...) {
  # 调用原shading_hcl的基础逻辑
  shade_res <- shading_hcl(x, ...)
  # 计算Fisher检验p值
  fisher_p <- stats::fisher.test(x)$p.value
  # 替换图例中的检验名称和p值
  shade_res$legend <- sub("chisq test", "Fisher精确检验", shade_res$legend)
  shade_res$legend <- sub("p = [0-9.]+", paste0("p = ", round(fisher_p, 5)), shade_res$legend)
  return(shade_res)
}

# 使用自定义shading函数绘制马赛克图
tbl <- cbind(c(15,10), c(1,10))
dimnames(tbl) <- list(outcome = c("So fun!","Meh!"), adjustment = c("A","B"))

mosaic(tbl, 
       gp = shading_fisher, 
       split_vertical = TRUE,
       main = "Toy Example")

补充说明 #

• vcd包当前版本没有内置参数可以直接指定图例使用Fisher精确检验的p值，因为默认的shading函数都是基于卡方检验的残差计算逻辑。
• 手动添加图例的方式更直接高效，适合单次使用；自定义shading函数则适合需要多次生成同类图的场景。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Big Old Dave