当然可以分开设置！我自己之前用FileTypesMan调整文件图标时也碰到过类似的关联问题，其实核心原因是有些扩展名可能共享了同一个系统文件类型（ProgID），改一个就会连累另一个。下面是具体的解决步骤：

• 第一步：检查两个文件的关联类型
  打开FileTypesMan后，分别找到.ini和.xml的条目，查看它们的File Type列内容。如果两者显示的是不同的类型（比如.xml是XML File，.ini是INI File），那直接调整图标就行；如果显示的是同一个类型，说明它们共用了同一个ProgID，这就是图标同步变化的根源，得先给其中一个创建独立的关联。

• 第二步：给.ini设置专属图标
  如果.ini已经有独立的File Type：
  右键点击.ini条目，选择Edit Selected File Type，在弹出的窗口里找到Default Icon选项，点击Browse选择你想要的.ico格式图标文件，确认后保存更改就行。

  如果两者共用同一个File Type：
  先给.ini创建专属的ProgID：点击菜单栏的File -> New -> File Type，输入一个自定义的ProgID（比如CustomINIFile），然后在新窗口里设置好你想要的图标。接着回到.ini的条目，右键选择Edit Selected File Type，把File Type改成刚才创建的CustomINIFile，保存后图标就会独立出来了。

• 第三步：检查其他可能被影响的文件类型
  你可以在FileTypesMan里按File Type列排序，看看还有没有其他扩展名和.xml共享同一个类型，如果有的话，用同样的方法就能分开设置。另外也可以直接在资源管理器里看看.cfg、.conf这类常见文本配置文件的图标，确认有没有被意外修改。

• 最后：刷新图标缓存（可选）
  有时候改完图标后不会立刻显示变化，你可以打开命令提示符，运行ie4uinit.exe -show，或者在任务管理器里找到Windows资源管理器，右键选择重启，就能看到新图标了。

备注：内容来源于stack exchange，提问作者paradroid