使用gratia::draw绘制bs='fs'因子平滑项时出现length.out错误

排查与修复方法 #

• 检查分组变量的分布
  确认fs对应的分组因子有没有仅含1个样本的组，或者所有观测都集中在单一水平。这种情况会导致gratia计算绘图范围时出错，用table(你的数据集$分组变量名)查看分布，删掉或合并异常分组后重新拟合模型。

• 手动提取平滑项并绘图
  绕过gratia自动绘图的逻辑，单独提取fs项的估计值后用ggplot手动绘制：

  # 提取指定的fs平滑项估计
  fs_estimates <- gratia::smooth_estimates(你的模型对象, smooth = "你的fs项名称")
  # 手动绘图
  library(ggplot2)
  ggplot(fs_estimates, aes(x = 自变量名, y = est, group = 分组变量名)) +
    geom_line(linewidth = 0.8) +
    geom_ribbon(aes(ymin = est - 1.96*se, ymax = est + 1.96*se), alpha = 0.2)
  

• 同步更新mgcv包
  fs是mgcv提供的平滑类型，gratia依赖mgcv的接口，确保mgcv也是最新版本：

  update.packages("mgcv")
  

  更新后重新拟合模型再尝试绘制。

• 用mgcv原生plot函数完整展示fs项
  如果上面的方法都无效，直接用mgcv的plot函数，指定参数展示完整的分组平滑曲线：

  # 找到fs项的索引
  fs_index <- which(grepl("fs", names(你的模型对象$smooth)))
  # 绘制带置信区间的分组平滑曲线
  mgcv::plot.gam(你的模型对象, select = fs_index, seWithMean = TRUE, scheme = 1)
  

  其中seWithMean=TRUE会包含均值的置信区间，scheme=1会绘制每个分组的平滑曲线，而非仅线性部分。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Nate