Snakemake工作流配置文件中如何配置--use-conda无值参数？

可以在profile配置文件中配置--use-conda，之前写法无效大概率是参数名格式或配置方式的问题，具体解决方式如下：

• 用下划线形式参数名配置：Snakemake命令行参数--use-conda在配置文件中对应的标准键是use_conda（下划线替代连字符），布尔值使用小写true即可生效。在profiles/default/config.yaml中写入：

  use_conda: true
  conda_prefix: "path.to.conda.envs"
  

• 用专门的settings.yaml管理命令行参数：如果偏好直接使用命令行参数的连字符命名，可以在profile目录下新建settings.yaml文件，写入：

  use-conda: true
  conda-prefix: "path.to.conda.envs"
  

之后调用工作流只需执行snakemake --profile default，配置文件中的参数会自动生效，无需再在命令行重复指定--use-conda和--conda-prefix。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Sean Taylor