Dockerfile中ENV配置的CC与PATH在容器中未按预期生效的原因咨询

核心原因：容器启动时的Shell初始化脚本覆盖了环境变量 #

你遇到的情况是pangeo/pangeo-notebook镜像的特性，而非对Docker环境变量的理解错误：

1. Dockerfile中通过ENV设置的变量确实会被写入镜像配置（docker inspect能验证这一点），但容器启动后，若加载了Shell初始化脚本（比如bash的.bashrc），这些脚本会修改环境变量。
2. pangeo-notebook基于conda环境，conda的初始化脚本会自动将自身的/srv/conda/envs/notebook/bin目录加到PATH最前端，同时把CC设置为conda自带的编译器路径，直接覆盖了你在Dockerfile中设置的值。
3. 你看到/usr/bin/mpich被保留，是因为conda脚本在修改PATH时，会追加原有PATH的内容，但优先使用conda的路径。

验证方法 #

• 直接启动容器查看原始环境变量（不加载Shell初始化脚本）：

  docker run --rm app_test env
  

  此时会显示Dockerfile中设置的PATH和CC，因为没有执行.bashrc。
• 启动不加载初始化脚本的交互式Shell：

  docker run --rm -it app_test bash --noprofile --norc
  

  执行echo $CC和echo $PATH，会看到你设置的原始值。

解决办法 #

如果需要强制保留自定义的环境变量，有两种常用方式：

1. 修改Dockerfile，在Shell初始化脚本末尾追加变量设置：

   FROM pangeo/pangeo-notebook:2024.04.08
   
   ENV DEFAULT_CC=/usr/bin/gcc
   ENV PATH=/usr/bin:${PATH}:/usr/bin/mpich CC=/usr/bin/gcc
   
   RUN echo 'export PATH=/usr/bin:$PATH:/usr/bin/mpich' >> ~/.bashrc && \
       echo 'export CC=/usr/bin/gcc' >> ~/.bashrc
   

   这样容器启动时，初始化脚本最后会执行你的变量设置，覆盖conda的修改。
2. 启动容器时显式指定环境变量：

   docker run --rm -e CC=/usr/bin/gcc -e PATH="/usr/bin:$PATH:/usr/bin/mpich" app_test
   

内容的提问来源于stack exchange，提问作者F Baig