核心原因 #

Flatpak版VSCodium运行在沙箱环境中，默认可能限制了对宿主系统虚拟环境的访问权限，同时沙箱内缺少zsh环境导致终端配置异常，进而引发Jupyter内核无法正确加载虚拟环境中的依赖包。

解决方案 #

1. 赋予虚拟环境访问权限

Flatpak沙箱默认可能无法读取~/.venv目录，需要手动添加权限：

• 终端执行命令：

  flatpak override com.vscodium.codium --filesystem=~/.venv:ro
  

• 或者使用图形化工具Flatseal：找到VSCodium，在「文件系统」中添加~/.venv的读取权限。

重新注册虚拟环境到Jupyter内核：
激活虚拟环境后执行：

python -m ipykernel install --user --name=venv --display-name="Python (.venv)"

之后在VSCodium的Jupyter内核选择器中，选择这个新注册的「Python (.venv)」内核。

2. 修复终端配置（启用zsh）

Flatpak沙箱内默认没有zsh，需要先安装：

flatpak install org.freedesktop.Sdk.Extension.zsh

然后配置VSCodium默认使用zsh：

1. 打开设置（快捷键Ctrl+,），搜索terminal.integrated.profiles.linux
2. 点击「在settings.json中编辑」，添加以下配置：

   "terminal.integrated.profiles.linux": {
       "Zsh": {
           "path": "/usr/bin/zsh",
           "args": ["--login"]
       }
   },
   "terminal.integrated.defaultProfile.linux": "Zsh"
   

3. 重启VSCodium，终端会自动切换为zsh。

3. 验证与修复依赖

在VSCodium的终端中执行以下命令确认环境：

• 检查Python路径：which python，确认输出为~/.venv/bin/python
• 测试numpy导入：python -c "import numpy; print(numpy.__version__)"
• 如果仍报错，重新在虚拟环境内安装numpy：pip install numpy

内容的提问来源于stack exchange，提问作者juxyper