使用GTSUMMARY创建多层缩进汇总表的技术咨询

问题背景 #

我希望使用GTSUMMARY生成带有两层缩进的汇总表，因未找到tbl_summary实现多层缩进的方法，已尝试用tbl_hierarchical编写对应代码，当前tbl.hrch已生成预期表体，但存在两个问题：

1. 是否可不操作tbl.hrch$table_body元数据实现需求？
2. 能否自定义变量排序，而非默认的字母顺序（当前ITT行优先，不符合预期）？

问题解答 #

1. 无需操作table_body实现双层缩进 #

tbl_hierarchical本身支持通过层级变量映射实现缩进，不需要直接修改元数据。核心是在构建层级结构时，通过hierarchy参数指定父子关系，配合indent参数控制缩进层级：

• 先准备包含层级结构的数据框，添加分组标识列明确父级和子级变量
• 在tbl_hierarchical()中，通过hierarchy = list(父级列 ~ 子级列)定义层级，自动生成缩进

示例代码：

library(gtsummary)
library(dplyr)

# 构造带层级关系的数据
data <- trial %>%
  mutate(
    parent_group = case_when(
      variable %in% c("age", "marker") ~ "基线特征",
      variable %in% c("trt", "response") ~ "治疗相关"
    )
  )

# 生成双层缩进的层级汇总表
tbl_hierarchical(
  data = data,
  hierarchy = list(parent_group ~ variable),
  by = trt,
  statistic = list(
    all_continuous() ~ "{mean} ({sd})",
    all_categorical() ~ "{n} ({p}%)"
  ),
  indent = TRUE # 开启自动缩进
)

2. 自定义变量排序 #

要覆盖默认的字母排序，有两种实用方法：

方法1：提前设置因子水平

在数据预处理阶段，将层级变量（父级/子级）转为因子并指定自定义顺序，tbl_hierarchical会遵循因子水平排列：

data <- data %>%
  mutate(
    # 自定义父级分组顺序
    parent_group = factor(parent_group, levels = c("治疗相关", "基线特征")),
    # 自定义子级变量顺序
    variable = factor(variable, levels = c("trt", "response", "age", "marker"))
  )

方法2：使用modify_table_body调整行顺序

如果不想修改原始数据，可直接通过modify_table_body重新排列表体行：

tbl.hrch %>%
  modify_table_body(
    ~ .x %>%
      arrange(
        match(parent_group, c("治疗相关", "基线特征")),
        match(variable, c("trt", "response", "age", "marker"))
      )
  )

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Ranjan Karmakar