如何在R中按周绘制病例数（以周起始日期为X轴）

你当前的核心问题有两个：

• 日期解析错误：你的Date.of.admission是日/月/年格式，用ymd()会解析失败，需改用dmy()；
• 直方图不适合分组计数场景：geom_histogram用于展示连续数据分布，而你需要先按周聚合病例数，再用柱状图呈现。

完整解决方案代码 #

library(dplyr)
library(lubridate)
library(ggplot2)

# 1. 正确转换日期格式，过滤空值
df1 <- df1 %>%
  mutate(Date.of.admission = lubridate::dmy(Date.of.admission)) %>%
  filter(!is.na(Date.of.admission))

# 2. 按周起始日期分组统计病例数
# week_start=1 设周一为周起始（默认是周日，可按需调整）
weekly_cases <- df1 %>%
  mutate(week_start = floor_date(Date.of.admission, unit = "week", week_start = 1)) %>%
  group_by(week_start) %>%
  summarise(case_count = n()) %>%
  ungroup()

# 3. 设置时间范围
start_date <- ymd("2023-12-11")
end_date <- ymd("2025-03-31")  

# 4. 绘制每周病例数柱状图
ggplot(weekly_cases, aes(x = week_start, y = case_count)) +
  geom_col(color = "black", fill = "black") +
  labs(x = "周起始日期", y = "每周病例数") +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust = 1)) +
  scale_x_date(
    labels = date_format("%d %b %y"), 
    date_breaks = "2 weeks",  # 按两周显示标签，避免拥挤
    limits = c(start_date, end_date)
  )

关键细节说明 #

• dmy()：适配你的日/月/年日期格式，确保日期解析准确；
• floor_date(..., unit = "week")：将每个入院日期映射到对应周的起始日期，week_start=1可将周起始从默认周日改为周一；
• group_by() + summarise(n())：完成每周病例数的聚合统计；
• geom_col()：用于展示预统计的离散计数，比geom_histogram更匹配你的需求；
• date_breaks="2 weeks"：根据数据密度调整X轴标签间隔，避免标签重叠。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Anna Le Souef