R语言合并多CSV文件时如何保留文件夹路径为Site列

以下是修改后的R代码，可实现从WaterTemp文件夹递归读取所有子CSV文件、提取前3列、统一表头并新增Site列存储文件所在文件夹路径：

# 设置根路径为WaterTemp文件夹
y_path   <- "Y:\\Public\\xx\\DataLoggers\\WaterTemp\\"

# 递归遍历所有子文件夹，获取所有CSV文件的完整路径
all_csv  <- list.files(path = y_path, pattern = '.csv$', full.names = TRUE, recursive = TRUE)

# 批量读取文件，同时处理列提取、表头设置和Site列添加
open_csv <- lapply(all_csv, function(x) {
  # 读取文件，跳过前2行
  dt <- data.table::fread(x, skip=2)
  # 提取前3列
  dt <- dt[, 1:3]
  # 设置统一表头
  data.table::setnames(dt, c("numb", "datetime", "temp"))
  # 添加Site列，值为当前文件所在的文件夹路径
  dt[, Site := dirname(x)]
  return(dt)
})

# 合并所有数据表格
one_df <- data.table::rbindlist(open_csv, fill=TRUE)

# 查看结果
one_df

关键修改说明 #

• 递归读取文件：list.files添加recursive=TRUE参数，自动遍历WaterTemp下所有子文件夹的CSV文件；pattern='.csv$'确保只匹配后缀为.csv的文件，避免误匹配。
• Site列生成：通过dirname(x)获取当前文件的父文件夹路径，直接添加为新列，无需额外处理。
• 简化流程：将列提取、表头设置和Site列添加整合到文件读取的循环中，减少中间变量，提升代码效率。

预期输出示例 #

numb             datetime   temp Site
       <int>               <char>  <num> <char>
    1:     1      6/30/2014 13:37 17.272 Y:\\Public\\Fisher Group\\DataLoggers\\WaterTemp\\DarkCanyon\\DC Trib 1A
    2:     2      6/30/2014 14:37 18.438 Y:\\Public\\Fisher Group\\DataLoggers\\WaterTemp\\DarkCanyon\\DC Trib 1A
    3:     3      6/30/2014 15:37 18.152 Y:\\Public\\Fisher Group\\DataLoggers\\WaterTemp\\DarkCanyon\\DC Trib 1A
   ---                                  
46232:   917 07/29/24 03:41:52 PM 13.269 Y:\\Public\\Fisher Group\\DataLoggers\\WaterTemp\\DarkCanyon\\DC Trib 1A
46233:   918 07/29/24 04:10:09 PM     NA Y:\\Public\\Fisher Group\\DataLoggers\\WaterTemp\\DarkCanyon\\DC Trib 1A
46234:   919 07/29/24 04:10:12 PM     NA Y:\\Public\\Fisher Group\\DataLoggers\\WaterTemp\\DarkCanyon\\DC Trib 1A

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Amanda Goldberg