其实没有绝对的「更优」选项，得看你的具体需求和软件本身的情况，我结合日常使用经验给你掰扯掰扯：

优先选Deb包/仓库安装的情况 #

• 系统整合度拉满：Deb包是Debian系（Ubuntu、Linux Mint这些）原生的包格式，会和系统的包管理器（比如apt）深度绑定。安装后软件自动出现在应用列表，依赖也会被apt自动处理，不用你手动到处找缺失的库文件。
• 更新维护超省心：如果是通过官方仓库安装的，系统更新时会自动同步软件的新版本，不用你自己蹲官网找安装包；就算是单独的Deb包，后续更新也可以用dpkg -i或者图形化软件中心一键搞定。
• 卸载彻底无残留：用apt remove或者软件中心卸载时，会自动清理软件的主文件，加个--purge还能把配置文件也清干净，不会在系统里留下零散的垃圾文件。
• 适合长期用的常规软件：比如VS Code、Chrome、LibreOffice这类日常高频工具，选Deb包绝对是省心之选。

选Run文件的情况 #

• 软件只提供Run包：有些闭源软件（比如某些大型游戏、专业工业软件）官方只给Run格式的安装包，那没得选只能用它。
• 避开依赖冲突坑：如果你的系统版本比较老，或者软件依赖的库和系统现有版本冲突，Run包通常会自带一套独立的依赖库，安装后不会干扰系统其他软件的正常运行。
• 临时试用不折腾：如果你只是想临时试试某个软件，不想让它混入系统包管理器，Run包安装后大不了手动删掉安装目录就行（虽然可能会留点配置文件，但影响不大）。

各自的小槽点 #

• Deb包：如果是非官方的Deb包，可能存在签名问题或者依赖不兼容的情况，安装时容易报错；另外有些小众软件根本没有Deb包可选。
• Run文件：安装后不会被系统包管理器追踪，后续更新得自己去官网下载新的Run包重新装；卸载的时候得手动找安装目录和配置文件，容易留尾巴；而且有些Run包安装时会要求sudo权限，风险比官方仓库的Deb包高一点。

总结下来，只要有官方Deb包或者仓库源，优先选Deb包；如果没有，或者碰到依赖冲突、临时试用的场景，再考虑Run文件。

备注：内容来源于stack exchange，提问作者ahron