Ubuntu 24下Python3.12安装hdbscan遇Python.h缺失问题求助

问题场景 #

执行pip install hdbscan时触发编译错误，核心报错信息如下：

running build_ext
  building 'hdbscan._hdbscan_tree' extension
  creating build/temp.linux-x86_64-cpython-312/hdbscan
  x86_64-linux-gnu-gcc -fno-strict-overflow -Wsign-compare -DNDEBUG -g -O2 -Wall -fPIC -I/home/ahe/pyenv/include -I/usr/include/python3.12 -I/tmp/pip-build-env-szh812xv/overlay/lib/python3.12/site-packages/numpy/_core/include -c hdbscan/_hdbscan_tree.c -o build/temp.linux-x86_64-cpython-312/hdbscan/_hdbscan_tree.o
  hdbscan/_hdbscan_tree.c:29:10: fatal error: Python.h: No such file or directory
     29 | #include "Python.h"
        |          ^~~~~~~~~~
  compilation terminated.
  error: command '/usr/bin/x86_64-linux-gnu-gcc' failed with exit code 1

环境：Ubuntu 24系统、Python 3.12版本、全新虚拟环境，不使用conda。

错误原因 #

编译hdbscan的C扩展模块需要Python的开发头文件（Python.h），Ubuntu默认未安装对应Python版本的开发依赖包。

解决步骤 #

• 安装Python 3.12的开发依赖包：

  sudo apt-get update && sudo apt-get install python3.12-dev
  

• 激活虚拟环境后重新执行安装命令：

  pip install hdbscan
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user9165100